在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后,忍者世界恢复到往日的和ccc。忍者们认真地进行日常训练,但大地忍者-寇,似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中,被邪恶的杨大师变成了幽灵,原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态,但他却惊觉自己有可能随时会消失不见,仿佛不曾存在过一样。就在这个时候,他又听到了杨大师的呼唤,发现杨大师正在进行一个阴谋,企图将过去曾被忍者们打倒的强大魔头们全都召唤回忍者世界!面对多个过去的死敌同时袭来,幻影忍者们能招架得住吗?而寇,是否能够渡过这次的难关,继续存在于这个世上呢?